Uno de los complejos mexicas más importantes, construido entre 1100 a 1521 d.C. En este lugar donde se adora a Malinalxóchitl, la edificación de los templos forma un nido de águilas, en donde los soldados podían adquirir sus grados y ofrendar al sol. Las construcciones de este asentamiento de origen matlazinca fueron labradas directamente en la roca y en sus laderas se erigen recintos sobre terrazas artificiales, característica que lo convirtió en uno de los seis Templos Pétreos del mundo. Existe una torre recién descubierta. En este lugar los mexicas controlaban el paso de las caravanas comerciales.
El recorrido por la zona abarca sus principales templos El Cuauhtinchan, El Cuauhcalli, y los edificios III, IV, V, así como una vista panorámica desde su parte más alta.
El Cuauhtinchan, es la sección más amplia y preservada de todo el sitio arqueológico, sus construcciones se distinguen por su compleja calidad destinada a actividades de defensa y algunos salones de consejo militar.
El Cuauhcalli o “Casa del sol”, es el templo principal del conjunto arquitectónico con características escultóricas mexicas, la escalinata presenta a sus costados restos de dos esculturas de ocelotes, y que eran un símbolo imperial; en el centro se aprecian restos de un portaestandarte.
La puerta principal del edificio representa las fauces de una serpiente, cuya lengua tendida en el piso simboliza a Tlatecuhtli o “señora de la tierra”. A sus lados hay dos pedestales esculpidos: un tambor o huéhuetl forrado en piel de ocelote y una Izcóatl o serpiente de guerra, que tiene escamas en forma de punta de flecha.
En la parte superior del Cuauhcalli se aprecia una techumbre reconstruida por el arqueólogo José García Payón, que asemeja a la original hecha con materiales perecederos. En los costados del templo hay labrados canales de escurrimiento y desviación del agua para su protección.
El interior del recinto de forma circular presenta una banqueta, en cuyo contorno se esculpieron dos águilas y un ocelote. Al centro del espacio se distingue otra águila labrada en piedra con las alas desplegadas, y una oquedad en su base identificada como un depósito para ofrendas, donde se rendía culto a advocaciones bélicas mexicas.
El Edificio III, conocido también como Tzinacalli o “Donde están los quemadores”, fue el lugar donde se incineraban y honraban a guerreros caídos en el campo de batalla o bien a los cautivos. La construcción está compuesta por dos cuartos, uno rectangular y otro circular, el último presenta restos de pintura mural policroma.
El arqueólogo Hernández Rivero, comentó que el valle de Malinalco era una ruta natural de comunicación y comercio, flujo de productos tributarios con Tenochtitlan. Por ahí procedían mercancías como plumajes y cobre de la región de Tepecoacuilco y Tlahuica (territorios ocupados en la actualidad por los estados de Guerrero y Morelos).
Finalmente, en las Cartas de Relación de Hernán Cortés dirigidas al Rey de España Carlos V, el conquistador español narra cómo en 1521 en un combate, dirigido por el capitán Andrés de Tapia, sucumbió Malinalco.